Mint ismert, az 1526-os mohácsi vész után három részre szakadt Magyarország, ez pedig nagy hatással volt a borászatra is. A külföldi vásárlók leginkább azokat a borokat részesítették előnyben, amelyek olyan területekről származnak, ahol nem volt török megszállás. Ebben az időszakban újra előtérbe került Sopron, mellettük pedig Pozsony, valamint Tokaj-Hegyalja is. A törököknek azonban nem állt érdekükben a termést pusztítani, hiszen a megszállt területeket nem hagyták el, hanem állandóságra rendezkedtek be, ami azt jelenti, hogy nagy hasznuk volt a borászatból is, amire adót és vámot vetettek ki.
A fejlődés azonban nem volt egyszerű a borászat területén, hiszen a mohamedánok elutasítják a szesztartalmú italokat, így a bort is. A XVI. században hadi szállításként könyvelhető el a borfogalom legnagyobb része, de újra fellendült a Németalföldre, valamint Lengyelországba történő export is. A XVII. században újra megváltozott a helyzet, új piacok nyíltak meg a magyar bor előtt. Skandinávia valamint Hollandia egyre nagyobb mértékben importálta ezt az italt Magyarországról, de a magyar borexportra pozitív hatással volt a spanyolok örökösödési háborúja is.
Mivel ebben az időszakban Angliából kiszorult úgy a spanyol, mint a francia bor, így utat törhetett a Magyarországról származó minőségi ital ebben az országban is. Mi sem mutatja jobban a hatalmas mennyiségű külföldi magyar boreladásokat annál, hogy úgy a Thököly, mint a Rákóczi féle felkelés, illetve szabadságharc fedezete nagyrészt az északi, valamint keleti borexportból képződött.